Dưới chế độ bảo hộ của Pháp, các tổ chức Phật giáo chỉ được mang danh nghĩa là các Hội đoàn, không được coi là các Giáo hội. Các tổ chức đầu tiên lần lượt xuất hiện, bắt đầu từ miền nam, ra miền trung rồi miền bắc.

• Năm 1930, tại Sài Gòn, Hội Nam Kỳ Nghiên cứu Phật học được thành lập, trụ sở tại chùa Linh Sơn, Hội trưởng là Thiền sư Từ Phong. Hội cũng xuất bản tạp chí Từ Bi Âm do thiền sư Khánh Hòa chủ nhiệm, số đầu tiên ra mắt vào ngày 1 tháng 3 năm 1932.
• Năm 1932, tại Huế, Hội An Nam Phật học được thành lập, do cư sĩ Lê Đình Thám làm Hội trưởng, Thiền sư Giác Tiên làm Chứng minh Đạo sư, trụ sở đặt tại chùa Trúc Lâm. Hội xuất bản tạp chí Viên Âm, ra số đầu tiên ngày 1 tháng 12 năm 1933.
• Năm 1934, tại Hà Nội, Hội Phật giáo Bắc Kỳ được thành lập, do cư sĩ Nguyễn Năng Quốc làm hội trưởng, tôn Thiền sư Thích Thanh Hanh (Tổ Vĩnh Nghiêm) làm Thiền gia Pháp chủ. Hội xuất bản tạp chí Đuốc Tuệ năm 1935.

Phong trào chấn hưng có thể nói được khởi xướng từ Thiền sư Khánh Hòa tại miền Nam, thiền sư Phước Huệ tại miền Trung, và thiền sư Thanh Hanh tại miền Bắc. Ba vị được tôn là Tổ của phong trào.

Tiếp đó đã xuất hiện thêm một số hội như Hội Lưỡng Xuyên Phật học tại Trà Vinh; Hội Phật học Kiêm Tế tại Rạch Giá, ra tạp chí Tiến hóa; Hội Tịnh độ Cư sĩ tại Chợ Lớn của giới cư sĩ, ra tạp chí Pháp Âm; Hội Thiên Thai Thiền Giáo tông Liên hữu do Thiền sư Huệ Đăng sáng lập năm 1934 tại Bà Rịa; Hội Phật giáo Tương tế do trụ trì chùa Thiên Phước là Lê Phước Chi thành lập ở Sóc Trăng. Tại miền Bắc có hội Bắc Kỳ Phật giáo Cổ Sơn môn.

Một số tạp chí khác cũng xuất bản như Pháp Âm, Quan Âm, Tam Bảo, Tiếng chuông sớm, Duy tâm, Tiến hóa. Một nhà xuất bản là Phật học Tùng thư do ông Đoàn Trung Còn thành lập năm 1932. Giai đoạn này nhiều kinh sách đã được xuất bản như sách Phật giáo Sơ học, 'Phật giáo vấn đáp, Phật giáo Giáo khoa Thư, và những kinh bản bằng quốc ngữ như Kim Cương, Pháp Hoa, Lăng Nghiêm.

Các tổ chức đầu tiên đã quy tụ được rất nhiều bậc cao tăng và nhân sĩ như Trần Trọng Kim, Thiều Chửu, Bùi Kỷ. Lễ Phật đản tại Huế năm 1935 đã mời được vua Bảo Đại và Thái hậu làm Hội chủ danh dự.

Các trường giảng dạy Phật học được tổ chức ở khắp ba miền, tập trung tại các chùa lớn, đào tạo nhiều tăng ni sinh.